2000年1月6日印度国家事务部长指责巴基斯坦与劫机案有“密不可分的关系”。他同时公布劫机犯的姓名以及 他们在巴基斯坦的家乡。

　　1月11日印度政府表示，被劫客机的两名驾驶员是巴基斯坦情报部门派来的情报人员。

　　1月15日印度政府外交部发表声明，要求巴基斯坦政府交出逃到巴国的劫机分子。

　　同日，巴基斯坦外交部发言人否认劫机分子在巴国。

　　1月19日美国政府与印度政府达成协议，成立1个反恐怖组织，共同追捕印航劫机案罪犯，并防止类似事件发生。

　　1月22日印巴双方在有争议的克什米尔伊夫提哈尔堡地区实际控制线附近发生武装冲突。

　　1月24日巴基斯坦军方警告说，将对印度跨越实际控制线的行为作出“适当的反应”。

　　同日，尼泊尔调查人员表示，未能搜集到巴基斯坦情报机构卷入劫机案的可靠证据。

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